Benediktinské opatství sv. Jana Křtitele, Panny Marie a sv. Prokopa
Zakladatel kláštera poustevník Prokop (†1053) shromáždil konvent, který se stal, patrně v roce 1032, opatstvím s benediktinskou řeholí a se staroslověnskou liturgií.
Staroslověnská etapa kláštera definitivně skončila v roce 1096, kdy byli benediktini vyhnáni a posléze nahrazeni latinským konventem z Břevnova.
Od 11. století zde začal vznikat cyklus svatoprokopských staroslověnských a latinských legend doprovázejících snahu o kanonizaci zakladatele kláštera (úspěšně završena v roce 1204).
Archeologický výzkum přinesl důkazy o tom, že dnešní budovy kláštera stojí nad zbytky starších objektů.
Nejstarší klášter i kostel byly v 11. století vystavěny ze dřeva.
V roce 1095 byla vysvěcena východní část nového kamenného kostela s východní liturgickou kryptou a se dvěma chórovými kaplemi nesoucími věže. Později byl kostel, zamýšlený jako bazilika, dobudován jako jednolodí se západní emporou.
Kolem poloviny 12. století byl chrám obestavěn bočními prostory, čímž získal bazilikální podobu.
Podlaha chrámu byla vydlážděna terakotovými dlaždicemi s reliéfní výzdobou, stěny byly s největší pravděpodobností zdobeny freskami.
Uvnitř i vně kostela vzniklo již v 11. století pohřebiště.
V první polovině 12. století ještě stála dřevěná klausura z 11. století vybudovaná na půdorysu typického klausurního čtverce.
Ve druhé polovině 12. století byly tyto objekty zbořeny a na jejich místě postavena kamenná klausura s ambitem a jednotlivými provozními prostorami.
Chrám sv. Kříže
Již od začátků kláštera vzniklo v jeho těsném severním sousedství laické sídliště klášterních služebníků. Pro jeho potřeby benediktini zřídili a v roce 1070 nechali vysvětit centrální tetrakonchální chrám sv. Kříže.
V okolí kláštera stála řada výrobních a hospodářských objektů, z nichž archeologicky byla doložena
bronzolitecká a snad i sklářská dílna.
V 70. letech 12. století v klášteře vznikla kronika tzv. Mnicha sázavského, jednoho z Kosmových pokračovatelů.Písemné prameny hovoří o mlýnech a o hospodářském dvoře. Ještě ve 13. století byla zahájena gotická přestavba klášterních budov.
Je pravděpodobné, že především začala novostavba konventního kostela s kryptou sklenutou na střední pilíř.
Nově budovaný chrám zvolna vytlačoval starší románskou stavbu. Na jejím místě vzniklo do doby příchodu husitských válek dodnes dochované nedostavěné torzo gotické budovy s dlouhým polygonálně uzavřeným mnišským chórem, s jižní lodí, jižní kaplí a s věží.
V první polovině 14. století kostel vyrůstal jako bazilika.
Poustevnická jeskyně
Kostelní chór se stavěl nad umělou jeskyní, která byla uctívána jako místo Prokopova poustevnického pobývání. Nad vstupem do jeskyně — v těsném severním sousedství kostela — vznikla gotická, snad komunikační a sakrální budova. Zda byla tato jeskyně již součástí románské stavby není jasné, je to však možné.
Na místě románské klausury vyrostla ve dvou fázích nová gotická klausura. V průběhu 14. století bylo postaveno její východní a jižní křídlo s příslušnými křídly ambitu —západním a severním. Jižní křídlo klausury bylo spojeno traktem jižní brány s budovou opatství. K samostatně stojícímu chóru bylo nejprve připojeno východní křídlo klausury, v němž kolem roku 1340 vznikla kapitulní síň. Její východní část se dvěma poli křížové klenby a bohatě zdobeným středním pilířem se zachovaly dodnes.
Klausurní křídla svírala obdélný rajský dvůr, do nějž vybíhaly hrotité opěráky vnější zdi ambitu. Při jižním rameni ambitu byla umístěna studna.
Opatství
V době gotické přestavby kláštera vznikla také nová budova opatství, přičemž zanikla mariánská kaple a románská prelatura.
V severním sousedství kláštera — po odchodu laiků — bylo území s tetrakonchem a s pohřebištěm obehnáno novým kamenným opevněním.
V husitském období neutrpěl klášter přímé válečné škody, ale protože ztratil svůj majetek a sám se dostal jako zápisné zboží do světských rukou, značně zchátral.
Stav objektů se neustále zhoršoval, až byly v roce 1588 — na příkaz Rudolfa II. — převezeny ze zříceného sázavského konventního kostela do kolegiátní kaple Všech svatých na Pražském hradě předpokládané ostatky zakladatele kláštera a zemského patrona.